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看似簡(jiǎn)單的“消消樂”游戲,也有深?yuàn)W的高科技

醫(yī)用生物力學(xué)
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提到“消消樂”,相信很多人都會(huì)會(huì)心一笑。這款簡(jiǎn)單又上癮的手機(jī)小游戲,陪伴了我們無數(shù)個(gè)“碎片化”閑暇時(shí)光——不過呢,我除了睡覺做夢(mèng)之外,其他絕大部分時(shí)間都已被手機(jī)“碎片化”了!

你知道嗎?消消樂,不只是游戲的那么簡(jiǎn)單!背后的邏輯其實(shí)與一種叫做“元胞自動(dòng)機(jī)”的深?yuàn)W計(jì)算機(jī)算法有著千絲萬縷的聯(lián)系呢!

消消樂,究竟與元胞自動(dòng)機(jī)有何不解之緣?元胞自動(dòng)機(jī),這位來自數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)科學(xué)領(lǐng)域的“神秘嘉賓”,又與生物力學(xué)有何瓜葛呢?今天,就讓我們一起踏上這場(chǎng)跨越學(xué)科的奇妙旅途,探尋消消樂與元胞自動(dòng)機(jī)之間的趣味聯(lián)系,以及元胞自動(dòng)機(jī)在生物力學(xué)中的奇妙應(yīng)用。

一、消消樂游戲與元胞自動(dòng)機(jī)的“不解之緣”

首先來了解一下這兩個(gè)好像“八竿子打不著”的主角。

消消樂(Anipop)是一款益智游戲,其基本玩法非常簡(jiǎn)單,基本原理是通過消除相同的方塊來獲得積分。玩家需要在有限的時(shí)間內(nèi),通過交換相鄰的兩個(gè)方塊,使相同顏色的方塊連成特定的結(jié)構(gòu)(如一行、一列或正方形等),從而消除這些方塊并得分(圖1)。隨著游戲的進(jìn)行,新的方塊會(huì)不斷從下方或兩側(cè)生成,增加游戲的難度和挑戰(zhàn)性。玩家需要觀察和計(jì)劃移動(dòng)策略,找出可以形成消除的特定方塊組合,并盡量避免形成無法消除的結(jié)構(gòu)。

圖1 消消樂,樂逍遙

元胞自動(dòng)機(jī)(Cellular Automata,簡(jiǎn)稱CA),中文也譯作細(xì)胞自動(dòng)機(jī)、點(diǎn)格自動(dòng)機(jī)、分子自動(dòng)機(jī)或單元自動(dòng)機(jī),是一種時(shí)間、空間、狀態(tài)都離散的,空間相互作用和時(shí)間因果關(guān)系為局部的網(wǎng)格動(dòng)力學(xué)模型(不好理解,后面詳解)。它由許多簡(jiǎn)單的、遵循相同規(guī)則的元胞組成,這些元胞在離散的時(shí)間步長(zhǎng)上按照規(guī)則更新自己的狀態(tài),從而模擬出復(fù)雜的系統(tǒng)行為。

元胞自動(dòng)機(jī)將連續(xù)的空間劃分為有限大小的網(wǎng)格,每個(gè)網(wǎng)格稱為一個(gè)元胞。每個(gè)元胞可以處于有限種狀態(tài)之一,這些狀態(tài)可以用離散的數(shù)值表示。根據(jù)當(dāng)前時(shí)刻所有元胞的狀態(tài),按照一定的規(guī)則計(jì)算出下一個(gè)時(shí)刻所有元胞的狀態(tài)。將時(shí)間劃分為一系列離散的時(shí)刻,每個(gè)時(shí)刻對(duì)應(yīng)一次狀態(tài)更新(圖2)。

圖2 元胞自動(dòng)機(jī)示例

是不是不好理解?好吧,我舉個(gè)不很恰當(dāng)、但更容易理解的例子。當(dāng)你在擁擠的人群中穿行的時(shí)候,你就是一個(gè)離散網(wǎng)格中的一個(gè)“元胞”,你可能會(huì)采取如下的規(guī)則來行走:當(dāng)你前面暢通無阻的時(shí)候,你自然會(huì)往前走;當(dāng)你前面被一個(gè)大胖子擋住去路的時(shí)候,你可能選擇從旁邊繞行;當(dāng)你感覺疲憊或者遇到紅燈的時(shí)候,你就停下腳步;當(dāng)你想起來什么事情的時(shí)候,你可能后退返回;當(dāng)你遇見志同道合者的時(shí)候,你會(huì)和他們組團(tuán)而行;當(dāng)你身邊有個(gè)美女路過的時(shí)候,你就緊緊跟隨美女的步伐節(jié)奏,如果有緣,你們還可能喜結(jié)連理——有情人終成家屬;當(dāng)你看看老人跌倒的時(shí)候,你在“扶”與“不扶”間猶豫良久……總之,這些規(guī)則對(duì)于人群中的每個(gè)行人都是同樣約定的。那么人群會(huì)呈現(xiàn)什么樣的動(dòng)態(tài)隊(duì)形狀態(tài)呢(圖3)?這就是元胞自動(dòng)機(jī)模型算法要處理的問題。

圖3 人群的流動(dòng)

接下來,我們來看看上述兩個(gè)主角之間的聯(lián)系。

消消樂與元胞自動(dòng)機(jī)在原理上的聯(lián)系主要體現(xiàn)在,它們都是基于一定的規(guī)則對(duì)離散的空間和時(shí)間進(jìn)行迭代更新。

在消消樂中,每個(gè)方塊其實(shí)可以看作是一個(gè)元胞。這些方塊(元胞)按照一定的規(guī)則(即消除規(guī)則)進(jìn)行狀態(tài)更新。當(dāng)相同顏色的方塊連成一行或一列時(shí),它們就會(huì)被消除(即狀態(tài)更新為“無”),同時(shí)釋放出新的方塊(即狀態(tài)更新為“有”)。這個(gè)過程與元胞自動(dòng)機(jī)中元胞的狀態(tài)更新過程有著驚人的相似性。

具體來說:(1)離散性:兩者都采用了離散的空間和時(shí)間模型,消消樂中的方塊陣列可以視為一種離散的空間網(wǎng)格,而元胞自動(dòng)機(jī)則更明確地定義了離散的空間和時(shí)間。(2)規(guī)則性:消消樂的消除規(guī)則和元胞自動(dòng)機(jī)的演化規(guī)則都起到了關(guān)鍵作用。這些規(guī)則決定了系統(tǒng)的狀態(tài)和動(dòng)態(tài)變化。(3)迭代更新:兩者都通過迭代更新來模擬系統(tǒng)的演化過程。在消消樂中,玩家通過移動(dòng)方塊來觸發(fā)消除操作,從而更新游戲狀態(tài);在元胞自動(dòng)機(jī)中,每個(gè)元胞的狀態(tài)則根據(jù)局部規(guī)則進(jìn)行同步更新。

那位看官一定會(huì)想到,還有一款游戲也有類似的原理,那就是“俄羅斯方塊”。確實(shí),“俄羅斯方塊”與元胞自動(dòng)機(jī)具有類似的原理?!岸砹_斯方塊”是一款經(jīng)典的益智游戲,由蘇聯(lián)游戲設(shè)計(jì)師阿列克謝·帕金諾夫于1984年創(chuàng)造。它的基本原理是通過移動(dòng)、旋轉(zhuǎn)和擺放各種形狀的方塊,讓它們?cè)谟螒騾^(qū)域內(nèi)堆疊和消除,直到達(dá)到一定的得分或挑戰(zhàn)目標(biāo)。俄羅斯方塊中元包含了元胞自動(dòng)機(jī)元素。實(shí)際上,如果我們把俄羅斯方塊中的每個(gè)方塊看作是一個(gè)元胞,那么整個(gè)游戲就可以看作是一個(gè)二維的元胞自動(dòng)機(jī)。在元胞狀態(tài)、鄰居關(guān)系、狀態(tài)更新規(guī)則等方面,“俄羅斯方塊”與元胞自動(dòng)機(jī)在核心原理上卻有著驚人的相似性。這種相似性主要體現(xiàn)在它們都是基于一系列簡(jiǎn)單的規(guī)則來模擬和展現(xiàn)復(fù)雜系統(tǒng)的行為,體現(xiàn)了離散的空間和時(shí)間、簡(jiǎn)單的規(guī)則產(chǎn)生復(fù)雜的行為以及并行計(jì)算等核心思想。

說完了消消樂游戲與元胞自動(dòng)機(jī)的“不解之緣”,我們接下來進(jìn)一步了解元胞自動(dòng)機(jī)。

二、進(jìn)一步了解元胞自動(dòng)機(jī)

1. 元胞自動(dòng)機(jī)的起源故事

元胞自動(dòng)機(jī)的起源故事可以追溯到20世紀(jì)中期,與計(jì)算機(jī)科學(xué)的先驅(qū)們對(duì)復(fù)雜系統(tǒng)和自我復(fù)制機(jī)制的探索緊密相關(guān)。在20世紀(jì)40年代至50年代,隨著計(jì)算機(jī)科學(xué)的興起,科學(xué)家們開始探索如何利用計(jì)算機(jī)模擬和解釋自然界中的復(fù)雜現(xiàn)象。其中,自我復(fù)制機(jī)制是一個(gè)備受關(guān)注的研究方向,因?yàn)樗婕暗搅松幕咎卣髦?。它由約翰·馮·諾依曼創(chuàng)始,經(jīng)數(shù)學(xué)家約翰·何頓·康威、物理學(xué)家斯蒂芬·沃爾夫勒姆等關(guān)鍵人物的貢獻(xiàn)后迅速發(fā)展。

先說美國(guó)科羅拉多大學(xué)的一位數(shù)學(xué)家,斯塔尼斯拉夫·馬爾欽·烏拉姆(Stanislaw Marein Ulam),他在與馮·諾依曼的討論中提出了一個(gè)有趣的問題:是否存在一種簡(jiǎn)單的規(guī)則,能夠使得一個(gè)系統(tǒng)在沒有外部干預(yù)的情況下自我復(fù)制?這個(gè)問題激發(fā)了馮·諾依曼對(duì)自我復(fù)制機(jī)制的深入研究。

約翰·馮·諾依曼(John von Neumann)是普林斯頓大學(xué)高等研究院教授,是計(jì)算機(jī)科學(xué)的奠基人之一,他在烏拉姆的啟發(fā)下開始探索自我復(fù)制機(jī)制的實(shí)現(xiàn)。馮·諾依曼認(rèn)為,如果能夠通過簡(jiǎn)單的規(guī)則模擬出自我復(fù)制的現(xiàn)象,那么這將為理解生命的本質(zhì)提供新的視角。馮·諾依曼提出元胞自動(dòng)機(jī)也不僅僅是想窺探生命的奧秘,而更想探究宇宙的終極原理。馮·諾依曼最初提出的元胞自動(dòng)機(jī)模型是一個(gè)二維的網(wǎng)格系統(tǒng),每個(gè)網(wǎng)格點(diǎn)代表一個(gè)元胞。元胞的狀態(tài)可以是“生”或“死”,并且根據(jù)周圍元胞的狀態(tài)按照一定的規(guī)則進(jìn)行更新。這個(gè)模型雖然簡(jiǎn)單,但卻能夠模擬出許多復(fù)雜的現(xiàn)象,如自我復(fù)制、混沌行為等。

約翰·何頓·康威(John Horton Conway)是普林斯頓大學(xué)的數(shù)學(xué)教授,被稱為數(shù)學(xué)界真正的奇男子、老頑童。他出生于英國(guó)利物浦,畢業(yè)于劍橋大學(xué),在組合博弈論、數(shù)論、群論等多個(gè)領(lǐng)域都頗有建樹。康威對(duì)很多游戲都做了數(shù)學(xué)化的研究,是知名計(jì)算機(jī)程序“生命游戲”的締造者。這款程序模擬和顯示的圖像看起來頗似生命的出生和繁衍過程而得名為“生命游戲”(參見前面的圖2)。

斯蒂芬·沃爾夫勒姆(Stephen Wolfram)是普林斯頓大學(xué)的計(jì)算機(jī)科學(xué)家、物理學(xué)家,提出了“世界的本質(zhì)就是計(jì)算”這一核心觀點(diǎn)。他認(rèn)為,類似元胞自動(dòng)機(jī)這樣的計(jì)算模型可能是宇宙結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ),即宇宙本身是一個(gè)巨大的計(jì)算系統(tǒng),宇宙中的物理現(xiàn)象是基于離散的計(jì)算過程演化出來的,自然界的復(fù)雜可以用元胞自動(dòng)機(jī)的簡(jiǎn)單計(jì)算規(guī)則得到。他的著名作品《一種新科學(xué)》提到,元胞自動(dòng)機(jī)將取代之前用數(shù)學(xué)方程來描述世界的方法,這將導(dǎo)致一場(chǎng)科學(xué)革命。

2. 康威生命游戲

康威生命游戲(Conway's Game of Life),又稱康威生命棋,可以說是最典型的元胞自動(dòng)機(jī)應(yīng)用案例。它沒有玩家,卻在學(xué)術(shù)玩家圈子里風(fēng)靡全球、火了近半個(gè)世紀(jì)!

康威生命游戲是一種零玩家游戲,其發(fā)展完全由初始狀態(tài)決定,不需要進(jìn)一步的輸入。玩家可以創(chuàng)建初始配置并觀察其演變過程。游戲基于元胞自動(dòng)機(jī)理論,通過簡(jiǎn)單的規(guī)則模擬生命的出生、繁衍和消亡過程。試圖在計(jì)算機(jī)上仿真、合成和生物有機(jī)體相關(guān)聯(lián)的一些基本現(xiàn)象,如自我復(fù)制、寄生、競(jìng)爭(zhēng)、進(jìn)化、協(xié)作等,并研究和觀察“可能的生命現(xiàn)象”,從而使人們能夠加深理解“已知的生命現(xiàn)象”。它使用了一個(gè)理論上可以無窮大的二維矩形柵格世界,這個(gè)世界中的每個(gè)方格居住著一個(gè)“活著的”或“死了的”細(xì)胞。細(xì)胞的生死狀態(tài)根據(jù)周圍八個(gè)方格中細(xì)胞的數(shù)量來更新,這體現(xiàn)了元胞自動(dòng)機(jī)中基于局部規(guī)則進(jìn)行狀態(tài)更新的原理(參見前面圖2)。它展示了即使是最簡(jiǎn)單的規(guī)則,也能在適當(dāng)?shù)臈l件下展現(xiàn)出驚人的復(fù)雜性。

游戲規(guī)則如下:(1)存活條件:當(dāng)一個(gè)活細(xì)胞周圍有2個(gè)或3個(gè)活鄰居時(shí),該細(xì)胞在下一代保持存活;當(dāng)一個(gè)死細(xì)胞周圍有3個(gè)活鄰居時(shí),該細(xì)胞在下一代變?yōu)榇婊顮顟B(tài)(模擬繁殖)。(2)死亡條件:當(dāng)一個(gè)活細(xì)胞周圍有少于2個(gè)或多于3個(gè)活鄰居時(shí),該細(xì)胞在下一代變?yōu)樗劳鰻顟B(tài);當(dāng)一個(gè)死細(xì)胞周圍活鄰居的數(shù)量不是3個(gè)時(shí),該細(xì)胞保持死亡狀態(tài)。

盡管游戲規(guī)則非常簡(jiǎn)單,但康威生命游戲能夠展示出穩(wěn)定型、周期型、混沌型和復(fù)雜型四種不同的演化行為,程序運(yùn)行的結(jié)果可能是奇妙驚艷的“生命”圖案(圖4)。

圖4 康威生命游戲生成的“生命”圖案(如何設(shè)置初始狀態(tài)和規(guī)則,才能經(jīng)過不斷演化而生成這樣的圖案,這是其中的難點(diǎn))

康威生命游戲在計(jì)算科學(xué)、人工生命研究、復(fù)雜系統(tǒng)模擬等領(lǐng)域具有一定的應(yīng)用價(jià)值。它可以用于研究群體行為、模擬生態(tài)系統(tǒng)、測(cè)試算法的性能等。游戲中涌現(xiàn)出的各種美麗圖案和結(jié)構(gòu)被藝術(shù)家用于創(chuàng)作壁紙、繪畫、音樂等藝術(shù)作品。它證明了即使是最簡(jiǎn)單的規(guī)則,也能在適當(dāng)?shù)臈l件下產(chǎn)生復(fù)雜而美麗的模式。這款游戲不僅具有科學(xué)研究?jī)r(jià)值,還啟發(fā)了人們對(duì)生命、社會(huì)和宇宙的深刻思考。

3. 格子氣方法、格子-玻爾茲曼方法與元胞自動(dòng)機(jī)

聊完了游戲,我們來談點(diǎn)正經(jīng)事。

元胞自動(dòng)機(jī)在科學(xué)研究中的應(yīng)用也不乏其例。格子氣方法、格子-玻爾茲曼方法與元胞自動(dòng)機(jī)之間存在緊密的關(guān)系。

(1)格子氣自動(dòng)機(jī)(Lattice Gas Automata,簡(jiǎn)稱LGA)

LGA是一種用來模擬液體流動(dòng)的細(xì)胞自動(dòng)機(jī)。LGA的基本思想是,把計(jì)算區(qū)域分成許多均勻的正六邊形(或正方形)的網(wǎng)格——稱之為“格子”,用布爾變量(也就是0和1)表示流體粒子在空間格子上的存在與否;那些只有質(zhì)量無體積的粒子只能在網(wǎng)格點(diǎn)上存在,并沿著網(wǎng)格線在網(wǎng)格間運(yùn)動(dòng)。當(dāng)某一個(gè)粒子從某一網(wǎng)格點(diǎn)到鄰近的網(wǎng)格點(diǎn)時(shí),有可能和從其他網(wǎng)格點(diǎn)到達(dá)該點(diǎn)的粒子相碰撞。LGA具有構(gòu)造簡(jiǎn)單、易于并行等突出的優(yōu)點(diǎn)。通過LGA,可以得出宏觀的流體力學(xué)控制方程——納維-斯托克斯(Navier-Stokes)方程。LGA的物理圖像簡(jiǎn)單、直觀、易于編程,在粗略模擬流體行為(特別是復(fù)雜流體行為)方面發(fā)揮著重要作用(圖5)。

圖5 人流運(yùn)動(dòng)模擬方法

(2)格子-玻爾茲曼方法(Lattice Boltzmann Method, 簡(jiǎn)稱LBM)

LBM是一種基于介觀模擬尺度(是指介于宏觀和微觀之間的尺度;一般認(rèn)為它的尺度在納米和毫米之間)的計(jì)算流體力學(xué)方法。它是20世紀(jì)80年代中期建立和發(fā)展起來的一種流場(chǎng)模擬方法,繼承了格子氣自動(dòng)機(jī)的主要原理并對(duì)其作了改進(jìn)。

LBM通過流體分子的速度分布函數(shù),研究速度分布函數(shù)在時(shí)間和空間上的演化過程,再根據(jù)速度分布函數(shù)與邊界條件設(shè)置的流體運(yùn)動(dòng)的宏觀物理量之間的關(guān)系,從而獲得流體運(yùn)動(dòng)的宏觀信息。

格子玻爾茲曼方程,在空間上流體區(qū)域被離散為一系列格子,在計(jì)算時(shí)間上離散為一系列時(shí)間步長(zhǎng),速度也同樣被離散。微觀流體粒子在永不停息地做無規(guī)則熱運(yùn)動(dòng)(碰撞-遷移),在微觀上看流體分子的速度的大小是連續(xù)的,速度是矢量,既有大小又有方向,在空間上速度有無數(shù)個(gè)方向(圖6)。

圖6 格子模型以及幾類啟發(fā)式邊界條件

LBM突破了傳統(tǒng)計(jì)算方法的理論框架,直接從離散模型出發(fā),應(yīng)用物質(zhì)世界最根本的質(zhì)量守恒、動(dòng)量守恒和能量守恒規(guī)律,在分子運(yùn)動(dòng)論和統(tǒng)計(jì)力學(xué)的基礎(chǔ)上構(gòu)架起宏觀與微觀、連續(xù)與離散之間的橋梁。被廣泛地認(rèn)為是描述流體運(yùn)動(dòng)與處理工程問題的有效手段,用于多組分、多相流、界面動(dòng)力學(xué)、化學(xué)反應(yīng)與傳遞等領(lǐng)域。

從歷史的角度看,格子氣方法和格子-玻爾茲曼方法都是由元胞自動(dòng)機(jī)模型發(fā)展而來。長(zhǎng)期以來,描述自然現(xiàn)象的數(shù)學(xué)模型為微分方程。從20世紀(jì)60年代開始,人們開始設(shè)想一種稱之為“格子氣”或“元胞自動(dòng)機(jī)”的離散模型。格子-玻爾茲曼方法則是在格子氣自動(dòng)機(jī)模型基礎(chǔ)上經(jīng)過若干主要的演變發(fā)展而來的。

這三者之間存在內(nèi)在的聯(lián)系:格子氣自動(dòng)機(jī)、格子-玻爾茲曼方法與元胞自動(dòng)機(jī)都體現(xiàn)了離散模型的思想,都通過一系列規(guī)則來模擬復(fù)雜系統(tǒng)的行為。它們?cè)诓煌I(lǐng)域和尺度上發(fā)揮著重要作用,相互借鑒、共同推動(dòng)了計(jì)算科學(xué)、物理學(xué)、工程學(xué)等多個(gè)領(lǐng)域的發(fā)展。

三、元胞自動(dòng)機(jī)在生物力學(xué)中的應(yīng)用

說完了元胞自動(dòng)機(jī)的“光輝歷史”,我們?cè)賮砹牧脑詣?dòng)機(jī)在生物力學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用。

元胞自動(dòng)機(jī)的英文名稱中用到了“細(xì)胞”這個(gè)名詞,那么它和細(xì)胞分裂演化行為有何關(guān)聯(lián)嗎?這個(gè)真沒有!

從元胞自動(dòng)機(jī)的起源來看,雖然元胞自動(dòng)機(jī)并非直接源于對(duì)細(xì)胞分裂演化行為的模擬,但細(xì)胞分裂和演化的復(fù)雜性為元胞自動(dòng)機(jī)提供了靈感。元胞自動(dòng)機(jī)通過簡(jiǎn)單的規(guī)則模擬復(fù)雜系統(tǒng)的行為,這與生物系統(tǒng)中細(xì)胞通過簡(jiǎn)單的規(guī)則實(shí)現(xiàn)復(fù)雜的分裂和演化過程有一定的相似性。

后來,元胞自動(dòng)機(jī)在模擬細(xì)胞行為方面得到了應(yīng)用。例如,基于生物細(xì)胞生長(zhǎng)機(jī)理和莫諾德微分方程模型(用于描述微生物比增殖速度與有機(jī)底物濃度之間的函數(shù)關(guān)系),可以推導(dǎo)出生物細(xì)胞生長(zhǎng)以及底物消耗的微分方程,并基于此建立模擬生物細(xì)胞生長(zhǎng)的元胞自動(dòng)機(jī)模型。這些模型能夠較好地描述細(xì)胞生長(zhǎng)的演化行為。

1. 細(xì)胞生長(zhǎng)與分裂的模擬

細(xì)胞是生物體的基本組成單位。它們的生長(zhǎng)和分裂過程受到多種因素的調(diào)控和影響。利用元胞自動(dòng)機(jī)模型,我們可以模擬細(xì)胞在不同條件下的生長(zhǎng)和分裂行為。例如,利用元胞自動(dòng)機(jī)模型來模擬腫瘤細(xì)胞的生長(zhǎng)和分裂過程,通過定義不同的元胞狀態(tài)和更新規(guī)則,我們可以模擬出細(xì)胞在營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)充足或缺乏、生長(zhǎng)因子存在或缺失等情況下的生長(zhǎng)、分裂和擴(kuò)散過程。結(jié)果顯示,該模型能夠準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)腫瘤細(xì)胞的生長(zhǎng)速度和擴(kuò)散范圍,與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)高度一致。

這種模擬不僅有助于我們深入理解細(xì)胞生長(zhǎng)和分裂的調(diào)控機(jī)制,還可以為組織工程和再生醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域提供有力的支持。例如,在組織工程中,我們可以利用元胞自動(dòng)機(jī)模型來優(yōu)化生物材料的結(jié)構(gòu)和性能,以促進(jìn)細(xì)胞的生長(zhǎng)和分化;在再生醫(yī)學(xué)中,我們可以利用元胞自動(dòng)機(jī)模型來模擬組織修復(fù)和再生的過程,為疾病治療提供新的思路和方法。通過定義不同的元胞狀態(tài)和更新規(guī)則,研究者成功地模擬出了細(xì)胞在生物材料表面的附著、增殖和分化過程。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,該模型能夠準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)細(xì)胞在生物材料表面的生長(zhǎng)情況和分布規(guī)律,為組織工程的設(shè)計(jì)和優(yōu)化提供了有力的支持。

2. 細(xì)胞骨架動(dòng)態(tài)變化的模擬

細(xì)胞骨架是細(xì)胞內(nèi)的一種蛋白質(zhì)纖維網(wǎng)絡(luò),它支撐著細(xì)胞的形態(tài)并參與了細(xì)胞的多種功能活動(dòng)。細(xì)胞骨架的動(dòng)態(tài)變化對(duì)于細(xì)胞的生長(zhǎng)、分裂、遷移等行為都具有重要的影響。利用元胞自動(dòng)機(jī)模型,我們可以模擬細(xì)胞骨架在不同條件下的動(dòng)態(tài)變化過程。

例如,通過定義不同的元胞狀態(tài)和更新規(guī)則,我們可以模擬出細(xì)胞骨架在受到力學(xué)刺激或化學(xué)信號(hào)作用下的重排和重組過程。這種模擬不僅有助于我們深入理解細(xì)胞骨架的調(diào)控機(jī)制,還可以為細(xì)胞力學(xué)和細(xì)胞生物學(xué)等領(lǐng)域的研究提供有力的支持。

3. 生物組織力學(xué)行為的模擬

生物組織是由多種細(xì)胞和細(xì)胞外基質(zhì)組成的復(fù)雜系統(tǒng)。它們的力學(xué)行為對(duì)于生物體的功能和健康都具有重要的影響。利用元胞自動(dòng)機(jī)模型,我們可以模擬生物組織在不同條件下的力學(xué)行為。

例如,通過定義不同的元胞狀態(tài)和更新規(guī)則,我們可以模擬出生物組織在受到拉伸、壓縮或剪切等力學(xué)刺激下的響應(yīng)和變形過程。這種模擬不僅有助于我們深入理解生物組織的力學(xué)性能和調(diào)控機(jī)制,還可以為生物醫(yī)學(xué)工程、康復(fù)醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的研究提供有力的支持。例如,在生物醫(yī)學(xué)工程中,我們可以利用元胞自動(dòng)機(jī)模型來優(yōu)化醫(yī)療器械的設(shè)計(jì)和使用效果,提高醫(yī)療器械的性能和安全性;在康復(fù)醫(yī)學(xué)中,我們可以利用元胞自動(dòng)機(jī)模型來評(píng)估患者的康復(fù)效果和制定個(gè)性化的康復(fù)方案,提升個(gè)性化精準(zhǔn)醫(yī)療水平。

4. 基于代理模型與血管重塑的模擬

基于代理模型(Agent-Based Modeling, 簡(jiǎn)稱ABM),也稱為基于個(gè)體模型、多元代理系統(tǒng)等,與元胞自動(dòng)機(jī)類似,都是模擬復(fù)雜系統(tǒng)動(dòng)態(tài)行為的重要工具,關(guān)注系統(tǒng)的組成部分及其相互作用。ABM中的模擬個(gè)體對(duì)象稱作代理,代理在模擬過程中根據(jù)定義的規(guī)則執(zhí)行相應(yīng)的行為,包括自身獨(dú)立的行為以及與其他代理的相互作用。它通過模擬代理的行為和相互作用,來研究系統(tǒng)整體的動(dòng)態(tài)變化。

就比如我們都遇到過上下班高峰期的交通擁堵問題。通過ABM模型,我們可以模擬每一輛車(代理)的駕駛行為和相互作用。模型中,每輛車都有其速度、加速度等屬性,以及遵守交通規(guī)則的行為規(guī)則。通過模擬,研究者可以發(fā)現(xiàn)哪些因素(如交通信號(hào)燈設(shè)置、車流量等)會(huì)導(dǎo)致?lián)矶?,并提出?yōu)化方案。

在血管重塑方面,ABM廣泛用于模擬內(nèi)皮細(xì)胞(EC)、血管平滑肌細(xì)胞(VSMC)以及細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)等成分的活動(dòng)。血管壁由內(nèi)膜、內(nèi)彈性層、中膜、外彈性層、外膜等結(jié)構(gòu)組成(圖7)。

圖7 血管壁結(jié)構(gòu)示意圖

內(nèi)膜由一層扁平EC構(gòu)成,中膜由VSMC構(gòu)成,外膜由成纖維細(xì)胞構(gòu)成。ECM對(duì)細(xì)胞起到復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)支持物的作用,并且作為一個(gè)關(guān)鍵的生物化學(xué)和生物力學(xué)信號(hào)來源,參與控制細(xì)胞的生長(zhǎng)、形狀、遷移、穩(wěn)定和代謝活動(dòng)。

血管重建是一個(gè)力學(xué)-化學(xué)-生物學(xué)共同作用的過程。在血管重塑的ABM中,每個(gè)代理可以代表血管壁上的一個(gè)細(xì)胞(如EC、VSMC等)。這些代理根據(jù)預(yù)設(shè)的規(guī)則和環(huán)境因素(如血流切應(yīng)力、血壓、血管壁張應(yīng)力、生長(zhǎng)因子濃度等)進(jìn)行決策和行動(dòng)。代理之間的相互作用可以模擬細(xì)胞間的信號(hào)傳導(dǎo)、物質(zhì)交換等過程。

科學(xué)家在模擬VSMC分裂/凋亡、ECM降解/合成過程中,考慮了壁面切應(yīng)力(WSS)、生化因子、VSMC和ECM之間的相互作用。其中生化因子包括內(nèi)皮素(endothelin, ET)、NO和基質(zhì)金屬蛋白酶-9(matrix metalloproteinases-9, MMP-9)等。根據(jù)文獻(xiàn)建立了WSS、生化因子含量、VSMC和ECM之間的數(shù)學(xué)關(guān)系,并且根據(jù)血管內(nèi)支架植入后血管壁的受力狀況模擬了血管重塑過程(圖8)。

圖8 ABM模擬血管重塑的橫截面形狀變化過程,這一過程再現(xiàn)了隨著血管重塑時(shí)間增長(zhǎng)、血管壁正性重塑何負(fù)性重塑的情形。

利用ABM的血管重塑模型,可以研究血管在高血壓、動(dòng)脈粥樣硬化等病理?xiàng)l件下的重塑機(jī)制,以及支架介入治療后的血管重塑過程。ABM通過模擬不同條件下的血管重塑過程,可以展現(xiàn)血管動(dòng)態(tài)與血管穩(wěn)態(tài)的分子、細(xì)胞機(jī)理,揭示血管重塑的關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)因素和潛在的治療靶點(diǎn),還可以用于評(píng)估不同治療策略對(duì)血管重塑的影響,為臨床決策提供科學(xué)依據(jù)。

四、結(jié)語(yǔ)

從 “消消樂”游戲到元胞自動(dòng)機(jī),再到格子-玻爾茲曼方法和基于代理模型,可以說是一場(chǎng)跨越學(xué)科的奇妙旅行,帶我們了解了科學(xué)知識(shí)無處不在及其奇妙之處。

通過今天的探討,我們不難發(fā)現(xiàn)消消樂與元胞自動(dòng)機(jī)之間竟然存在著如此緊密的聯(lián)系。而元胞自動(dòng)機(jī)這位來自數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)科學(xué)領(lǐng)域的“神秘嘉賓”,在生物力學(xué)領(lǐng)域也發(fā)揮著如此重要的神奇作用。這場(chǎng)跨越學(xué)科的奇妙邂逅不僅讓我們對(duì)消消樂和元胞自動(dòng)機(jī)有了更深入的了解,也讓我們看到了跨學(xué)科研究的無限可能。

在未來的日子里,我們期待著更多的跨學(xué)科研究能夠涌現(xiàn)出來,為我們揭示自然界的奧秘和推動(dòng)人類社會(huì)的進(jìn)步貢獻(xiàn)更多的智慧和力量。同時(shí),我們也期待著消消樂這樣的簡(jiǎn)單小游戲能夠繼續(xù)帶給我們歡樂和啟發(fā),讓我們?cè)趭蕵返耐瑫r(shí)也能感受到科學(xué)的魅力和力量。

科學(xué)之美,無處不在,就看你是否能玩出新花樣。

同樣的東西,我能玩的是游戲,別人玩的是科技。

評(píng)論
醫(yī)用生物力學(xué)
秀才級(jí)
這可不是什么游戲廣告,講的是生命現(xiàn)象中的“終極”定理(曾經(jīng)被這么認(rèn)為)。
2024-12-27